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Zurück in New York, beschließen die Turtles einen neuen Großangriff auf Shredder. Sie dringen in seinen Wolkenkratzer des Bösen ein, legen sein internes Kommunikationssystem lahm und kämpfen sich Etage für Etage nach oben. Im 33. Stock stoßen sie auf ein Genlabor, in dem drei Shredder-Klone in der Brühe schwimmen. Die Aquarien öffnen sich und die Klone greifen an. Können die Turtles mit ihrer genialen Kampftechnik Gegenwehr leisten?