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Die Turtles wollen herausfinden, wer ihr altes Zuhause zerstört hat. War es vielleicht Doktor Stockman, der mit seiner Erfindung des Mousers die Schildkröten auslöschen will? In der Fabrik des Bösewichts entdeckt April einen dunklen Plan, der Stockman zum mächtigen Mann machen soll. Leider wird April beim schnüffeln entdeckt und von einem Mouser bis in die Kanalisation gejagt. Erst in letzter Sekunde können die Schildkröten ihre Freundin retten.