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Episode: Neugeborene Akatsuki
Die Friedensorganisation Akatsuki erhält eine Nachricht von Danzou Shimura, der sich als "Kanzou" ausgibt, dass Hanzou sich mit ihnen für eine Friedensverhandlung treffen möchte. Bevor Yahiko und Nagato sich auf den Weg zu Hanzou machen, kriegt Nagato überraschend Besuch von Obito Uchiha, der den Jungen mit den Rin'negan dazu überreden will, sich von Yahikos Idealen loszulösen und sich ihm selbst anzuschließen. Nagato, der dies ablehnt, macht sich später mit Yahiko auf den Weg zu der Friedensverhandlung mit Hanzou. Begeistert von der guten Nachricht am Vortag feierten alle Organisations-Mitglieder bis in den kommenden Tag hinein. Kyuusuke wird von einer Maus aus dem Schlaf gerissen, die eine Nachricht bei sich trägt. Die Nachricht besagt, dass ANBU aus Konohagakure in der Nähe von Hanzou gesichtet wurden. Besorgt um Yahiko und Nagato machen sich die restlichen Akatsuki-Mitglieder auf den Weg zu ihnen, wobei sie von Obito Uchiha, der sich als Madara Uchiha ausgibt, und Zetsu aufgehalten werden. Obito will, dass Nagato den Schmerz der Realität kennenlernt, damit er sich ihm anschließt. Es kommt zu einem Kampf zwischen Akatsuki und Obito und Zetsu, der den Mitgliedern der Friedensorganisation das Leben kostet. Obito und Zetsu begeben sich zu Hanzou, um zu schauen, wie die vermeintliche "Friedensverhandlung" abläuft. Konan wurde auf einer Streife als Geisel genommen und nun droht Hanzou damit, sie umzubringen, sollte Nagato den Anführer ihrer Organisation, also Yahiko, nicht zuerst töten. Yahiko wählt den Freitod und läuft in das Kunai hinein, das Hanzou Nagato zuwarf. Geschockt von dem Tod seines Freundes wird Nagato auch noch von den ANBU angegriffen. Er wehrt alle Angriffe ab und schafft es, Konan zu retten. Er schließt sich nun doch Obito an und Akatsuki wird neu gegründet.