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Auf dem Rückflug von der Erde ereignet sich ein tödlicher Zwischenfall im Computerraum der Daedalus. Dr. McKay nimmt zuerst an, dass der Grund für den Unfall in einer falsch abgeschirmten elektrischen Stromleitung besteht. Doch als ein zweiter Wissenschaftler bei der Untersuchung der genauen Umstände ebenfalls ums Leben kommt, bekommt er erhebliche Zweifel an dieser These. Irgendjemand oder irgendetwas scheint die elektrischen Überladungen zu planen. Wenig später wird ein Virus im System des Schiffes festgestellt. Zum Schock aller an Bord handelt es sich um einen Wraith-Virus. Doch was noch schlimmer ist: Nach einer genaueren Untersuchung steht fest, dass der Virus sich selbst ständig neu programmiert und somit fast nicht zu bekämpfen ist. McKay erkennt sofort die Gefahr, die sich dahinter verbirgt. Die Wraith können mit Hilfe dieses Virus die Kontrolle über die Daedalus gewinnen. Sheppard und das Team befürchten, dass die Wraith die Waffen des Schiffes gegen Atlantis einsetzen wollen. Es beginnt ein Wettlauf gegen die Zeit. Noch besteht die Hoffnung, den Virus irgendwie zu blockieren, bevor er die ganze Mannschaft an Bord getötet hat und das Schiff in die Hände der Wraith fällt …