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Nachdem der dritte Gang gestoppt wurde, verschaffen sich die Unterzeichner Zugang zum mittleren Gang, und Yusei stößt wieder zu den anderen und erzählt ihnen die Wahrheit über die Antinomie und die Delta-Accel-Synchro-Methode. Sie gehen weiter zum Zentrum der Arche-Wiege, wo sie weitere, aber kleinere Zahnräder sowie den Ener-D-Generator entdecken, der Zentrales Zahnrad genannt wurde und der den Großteil der negativen Ener-D der Arche-Wiege mit Energie versorgte. Dann betreten sie einen Raum mit blauen Wänden, der sich im Herzen der Arche-Wiege befindet, wo Z-ONE auf sie wartet. Z-ONE enthüllt, dass er hinter dem Zero Reverse-Vorfall und dem Plan von Paradox steckt, die Existenz von Synchro-Monstern und Ener-D zu verhindern. Z-ONE beschließt daraufhin, die Sache in einem Duell zu klären. Wenn Yusei gewinnt, würde das mittlere Zahnrad aufhören zu funktionieren (das mittlere Zahnrad ist in Wirklichkeit der wichtigste Ener-D-Generator, der die Hauptstromquelle für den gesamten Ener-D-Generator der Arche-Wiege ist), und die Arche-Wiege würde wirklich verschwinden.