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Seit der Niederlage von Z-ONE sind ein paar Jahre vergangen. Das Amt für die Aufrechterhaltung der öffentlichen Sicherheit hat sich in ein Rathaus aufgelöst, und Lazar ist zum Bürgermeister der Stadt geworden. Yusei ist inzwischen Wissenschaftler und überwacht die Fertigstellung eines neuen Ener-D-Mainframes mit dem Namen Fortune, um die Sicherheit der Stadt zu gewährleisten. Crow wurde zum Highway Patroller und erhält eine Einladung zu einer Übersee-Liga, Akiza plant ein Auslandsstudium, um Ärztin zu werden, und Leo und Luna erhalten eine Mail von ihren Eltern, in der sie gebeten werden, New Domino City zu verlassen, um bei ihnen zu leben, was alle dazu veranlasst, sich über die Zukunft von Team 5D Gedanken zu machen. Jack kommt nach dem Training mit mehreren anderen Duellanten (die er besiegt hat) und will New Domino City verlassen, um in der Weltliga anzutreten und sich seinen Traum zu erfüllen, Weltduellantenkönig zu werden, und Yusei fordert ihn zu einem Duell heraus, um die Zukunft der Unterzeichner zu entscheiden.