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Der 6. Mai 2015, Samaritans Tag der „Bereinigung“ ist gekommen. Control, die Leiterin der ISA in Washington, befürchtet einen ebenso großen Anschlag, wie bei der Auslöschung von Vigilance, der damals Samaritan den Zugang zu den Überwachungsdaten der Regierung einbrachte. Sie vermutet, dass Decima Technologies damit noch mehr Freiheiten und Geld für seine Kontrollmaschinerie bekommen will. Sie versucht, John Greer zu zwingen, die Säuberungsaktion abzusagen. Root und Harold in New York bekommen direkte Verbindung zur Maschine, die von Samaritan landesweit eingekreist wird. Sie hatte sich nicht in einen neuen Server-Bunker verschickt, sondern dezentral im gesamten US-Energienetz versteckt. Samaritan löst nun Stromnetzüberlastungen und Blackouts aus, um sie auszulöschen. Im Wettlauf mit der Zeit suchen Root und Harold Unterstützung, um die Maschine rechtzeitig in ein sicheres Versteck zu bringen. John und Detective Fusco sind mit Elias weiter Geiseln von Dominic, der damit Harold zu sich locken will. Mit unerwarteter Unterstützung können sie sich befreien und Dominic und Elias verhaften. John eilt Harold und Root beim Rettungsversuch für die Maschine zu Hilfe. Fusco muss feststellen, dass Samaritans „Säuberung“ auch die New Yorker Unterwelt zum Ziel hat. Doch am Ende hat Samaritan noch nicht alle Ziele erreicht...