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John hat die Stelle als Ausbilder in der Polizeiakademie angenommen, um eine Rekrutin zu überwachen, Dani Silva. Als er ein Attentat auf sie verhindert, ist gerade Johns Psychiaterin Dr. Iris Campbell bei ihm, was ihr eine neue Perspektive auf seinen „Heldenkomplex“ gibt. Der Fall ist eng verknüpft mit der Brotherhood-Gang. Ihr Boss Dominic hat inzwischen den Großteil der New Yorker Unterwelt in der Hand und macht sich auf die Jagd nach Elias. Shaw geriet durch ihren letzten Einsatz mit Tomas Koroa ins Blickfeld von Samaritan. Sie verhinderte, dass Greer von Decima Technologies ein hochgefährliches Virus in die Hände bekam, deshalb setzt er Agentin Martine Rousseau auf sie an. Shaw soll der Hebel sein, um das ganze Team im Untergrund aufzuspüren.