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Nachdem es den Schicksalsspielern gelungen ist, Mag Mel zu besiegen, herrscht wieder Frieden im Universum. Doch das ändert sich schlagartig, als vier übel gesinnte Mechtogan auf der Bildfläche erscheinen und unter der Leitung ihres Anführers Coredegon jedes lebendige Bakugan ausradieren wollen. Natürlich haben die Spieler da ein Wörtchen mitzureden und stürzen sich unverzüglich in den Kampf.