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Mechtavius Destroyer kommt auf Neu Vestroia an, um dort alle Bakugan zu vernichten. Was er allerdings nicht weiß: Die Bakugan auf der Erde haben kurz vor der Zerstörung Bakugan Citys einen Notruf abgesetzt! So steht der Bösewicht überraschend einer Armee aufgebrachter und kampfbereiter Bakugan gegenüber. In der 2. Doom Dimension unterbreitet Professor Worton den Spielern indes einen Fluchtplan.