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Den Spieler konnten in die Vergangenheit reisen und haben so die Möglichkeit, Mechtavius Destroyer davon abzuhalten, Bakugan City und Neu Vestroia auszulöschen. Sofort stürzen sie sich in den Kampf mit dem Feind, sehen sich aber schnell im Nachteil. Als die Lage ausweglos scheint, passiert das Unglaubliche: die Treue zwischen Bakugan und den Spielern könnte das Blatt im letzten Moment wenden!